格尔木站位于格尔木市区南端，北临迎宾路，正对江源路。格尔木站房按照3台5线规模设置。总建筑面积36,729平米，其中站房建筑面积14,974平米，雨棚建筑面积16,873平米 。
　　格尔木站房造型以“千山之宗、万水之源、雪域苍穹、青藏枢户”为设计理念，站房中部略高，两侧依次跌落，似峰峦起伏之势。向两侧舒展的水平线条，拟河流绵延之形，使站房和周边建筑群，成为中心突出，元素统一的有机整体。
　　站房地下一层，地上两层，主要布置有进站厅、售票厅、行包厅、候车厅、旅服中心、出站通道、出站大厅等。整个站房可容纳两千人同时候车。